Fue fundado según la Ley 13, el 20 de enero de 1982 e inaugurado el 3 de agosto de 1990, por la iniciativa de Luis Arango Restrepo quien desarrollo en la finca EL PARAGUITAS bellos bosques nativos colecciono orquídeas y diseño espacios para exhibir la flora regional santandereana.
El jardín botánico, miembro fundador de la red nacional de jardines botánicos en Colombia, fue legalizado ante el ministerio de medio ambiente y el instituto de investigaciones biológicas Alexander Humboldt en el año 2000 como lo estipula la ley 299 de julio de 1996.
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